1、股指期货套利跟踪误差风险
股指期货套利实施过程中，由于代替现货指数的证券组合与现货指数在走势上可能存在的一定的偏差，从而存在一定的跟踪误差。采取不同方法构建的现货组合，跟踪误差存在差异。用完全复制法构建现货组合的跟踪误差相对较小，但交易成本较大。所以实际操作中，可以考虑用ETF代替现货指数，交易成本较低且操作简单。
2、股指期货套利融券风险
构建现货指数组合所需的证券不一定全部具备融券交易资格。而且，有些具备融券交易资格的证券也会因为某些突发事件而被暂停融券交易。不过，自2008年11月份至今,11家券商完成融资融券联网测试一年有余,目前开展融资融券业务已经万事俱备,也有望不久推出。
3、股指期货套利流动性风险
实际套利交易中，买卖股票现货指数是一揽子交易，只有这一揽子交易全部按预期成交时，套利头寸的建立才是匹配的。但在实际操作中，不同证券、期货的流动性是不同的，因而存在一揽子交易中的一部分顺利成交，而另一部分未能及时成交的可能，导致套利交易产生风险。
股指期货结算价格是现货指数结算日最后两个小时的平均价格，因此，无论股指期货价格怎样变化，在交割日必将与现货指数价格一致。当股指期货价格与理论价格有差异的时候，价格套利者就对现货与期货做相反方向的交易。一旦完成交易，无论指数如何变化，套利者的价差收益都不受影响。
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